Bien que le programme de premier cycle du Collège militaire royal s'adresse exclusivement aux candidats désireux de faire carrière dans les Forces canadiennes, le programme d'études supérieures du CMR est offert tant au personnel militaire qu'aux civils (personnel non militaire). Les civils inscrits aux cours d'études supérieures du CMR ne sont pas tenus de participer aux activités militaires.
Le CMR offre des programmes d'études supérieures menant à des diplômes concurrentiels dans de nombreux domaines particuliers. Voici ces programmes (et leur domaine d'études particulier):
- Maîtrise en génie:
- Génie aéronautique
- Génie mécanique
- Maîtrise ès sciences appliquées:
- Génie aéronautique
- Génie mécanique
- Mécanique des solides
- Dynamique thermique / Dynamique des fluides
- Contrôle et dynamique
- Doctorat en philosophie:
- Génie mécanique
- Mécanique des solides
- Dynamique thermique / Dynamique des fluides
- Contrôle et dynamique
- Génie mécanique